Poco común. Esta serpiente puede ocurrir en hábitats diversos, incluyendo selva tropical, bosques secundario, sabana, y bosques de galería [10,11,14–16]. No obstante, se ha encontrado en ambientes transformados como potreros y caseríos, siendo más común en áreas con bosques húmedos [10,15,17,18]. Se le ha encontrado activa durante el día y la noche [19–21].
En Colombia se documentó un caso de depredación de M. obscurus sobre Erythrolamprus reginae, una especie de colúbrido terrestre, serpiente gusano reticulato (Amerotyphlops reticulatus), lagartija gusano moteado (Amphisbaena bassleri), serpiente de ojo de gato bandeada (Leptodeira ashmeadii), y Atractus sp. [23,24]. Fuera de Colombia, M. obscurus ha sido reportado depredar varias serpientes, incluyendo la serpiente de suelo collar (Atractus collaris), serpiente de labio dorado cienaga (Erythrolamprus chrisostomus), serpiente cienaga pigmio (Erythrolamprus pygmaeus), banded cat-eyed snake (Leptodeira annulata), coral annellado (Micrurus annellatus), serpiente gusano reticulado (Amerotyphlops reticulatus), talla X (Bothrops atrox), y una especie de Atractus y Dipsas no identificada [10,11,16,25]. Ellas también han sido reportadas depredar lagartija quebrada reticulada (Arthrosaura reticulata), lagartija bosque (Kentropyx pelviceps), y cecilianos [16,25,26].
Un ciempiés scolopendrido no identificado depredó un M. obscurus pequeño de Perú [27]. Cuando está amenazado, esta especie normalmente huye, pero se ha registrado mover de manera errática, esconder la cabeza debajo del cuerpo, aplanar el cuerpo dorsoventralmente, y agitar la cola [22,28,29]. La semejanza de M. obscurus a M. isozonus en la Orinoquia de Colombia podría representar un caso de mimetismo Mülleriano; sin embargo, esta se requiere confirmación [10,11]. En Brasil, el ectoparásito Amblyomma rotundatum ha sido registrado en M. obscurus [30]. Micrurus obscurus es ovíparo, pero no existe información sobre la reproducción de poblaciones colombianas. En Ecuador, una camada de 7 huevos fue puestos por una hembra [25].