Poco común. Esta serpiente fosorial se puede encontrar en hábitats diversos, incluyendo bosque caducifolio tropical, bosque tropical espino, sabana, y bosque galería, pero parece ser más común en regiones semiáridas y regiones que estacionalmente secas [11,12,15,16]. Se puede encontrar esta especie también en hábitats perturbados, como potreros, crecimiento secundario, y áreas suburbanas [11,13]. Micrurus isozonus se encuentra activa en el suelo en la mañana, tarde, o por la noche, pero algunas poblaciones en Venezuela aparecen ser exclusivamente nocturnas [17–20]. Aunque es considerado común en todo su rango en Venezuela, puede ser menos común y extendido en Colombia basado en los pocos números de localidades de donde ha sido colectado [8,12]. Dado su supuesto preferencia por hábitats semiáridas, M. isozonus podría colonizar áreas más húmedas en altitudes más altas que han sido aridificados por actividades humanas.
En Colombia, M. isozonus ha sido registrado depredar Erythrolamprus bizona [13]. Fuera de Colombia, M. isozonus ha sido reportado depredar lagartijas y serpientes, incluyendo microteiidos (Bachia spp.), serpientes de agua (Helicops sp.), serpientes ciegas (Leptotyphlops sp.), y culebra boba (Mastigodryas boddaerti) [11,13,18]. Registros de depredación de M. isozonus aún no han sido reportados todavía. Cuando se siente amenazada y no puede huir, M. isozonus suele levantarse y enrolla su cola; también es capaz de defenderse energéticamente [11,21,22]. M. isozonus se parece a M. obscurus en la Orinoquia colombiana, esto representa un caso posible de mimetismo Mülleriano que requiere confirmación [11,13].
Nematodos no identificados han sido reportado en los intestinos de esta serpiente, y garrapatas no identificadas han sido observadas en las escamas infracefálicas [13]. M. isozonus es ovípara, y no hay información sobre su reproducción en poblaciones colombianas. En Venezuela, una hembra de 68 cm puso una camada de 6 huevos, promediando 26.1 × 10.7 mm en tamaño, el 27 de abril justo después del inicio de la temporada de lluvias [13,23]. La actividad reproductiva en M. isozonus está probablemente asociada a la distribución de humedad a lo largo del año, con apareamiento ocurriendo en la temporada de secas y oviposición antes del inicio de la temporada de lluvias [13,18]. Se requieren más trabajos para aclarar muchos aspectos de la historia natural de esta serpiente poco conocida en Colombia.